سازمان پزشکی قانونی ایران سه هفته پس از جان باختن مهسا امینی اعلام کرد که «با استناد به مدارک پزشکی بیمارستانی، بررسی سی. تی اسکن مغز و ریه، نتایج معاینه ظاهری جسد و کالبد گشایی، آزمایشات آسیب شناسی، فوت نامبرده ناشی از اصابت ضربه به سر و اعضا و عناصر حیاتی بدن نبوده است.»
این سازمان با اشاره به «شرح معاینه ظاهری جسد و کالبد گشایی، نتایج آزمایش‌های سم‌شناسی و آسیب‌شناسی، تحقیقات قضایی و کمیته‌های کارشناسی متعدد تخصصی و فوق تخصصی» گفت: «متوفیه پس از عمل جراحی تومور کرانیوفارنژیومای مغزی در سن ۸ سالگی دچار اختلال در محور مهم هیپوتالاموس ـ هیپوفیز و غدد تحت فرمان آن (از جمله آدرنال و تیروئید) شده است. به علت این بیماری زمینه‌ای متوفیه تحت درمان با دارو‌های هیدروکورتیزون، لووتیروکسین و دسموپرسین بوده است.»
پدر مهسا امینی بارها داشتن بیماری زمینه‌ای دخترش را تکذیب کرده بود.
صالح نیکبخت، وکیل خانواده مهسا امینی نیز هفته گذشته گفته بود که بر اساس نظر پزشکان و همچنین افرادی که با آنها مشورت صورت گرفته، «به طور قطع» به سر مهسا امینی ضربه وارد شده است.
آقای نیکبخت، روز یکشنبه گذشته به روزنامه اعتماد گفت که رد خون در پشت گردن و پایین جمجمه مهسا مشاهده شده که این رد خون توسط غسالان، پدر و مادر و نزدیکان این دختر جوان دیده شده است. او همچنین افزوده که به طور قطع مهسا پیش از اینکه به مرکز گشت ارشاد برسد مورد ضربه قرار گرفته است. ضمن اینکه به باور او حتی پس از حضور او در بازداشتگاه هم احتمال ضربه زدن به مهسا امینی زیاد است.
با این حال سازمان پزشکی قانونی در گزارش نهایی خود گفت: «ایشان (مهسا امینی) در تاریخ ۱۴۰۱/۶/۲۲ از ساعت ۱۹:۵۶ بطور ناگهانی دچار افت هوشیاری شده و متعاقب آن بر زمین می‌افتد که با توجه به بیماری زمینه ای، متوفیه توانایی لازم جهت جبران و تطابق با وضعیت ایجاد شده را نداشته، لذا در شرایط مذکور دچار اختلال ریتم قلب و کاهش فشار خون و متعاقب آن کاهش سطح هوشیاری شده که به دلیل انجام عملیات احیای قلبی ـ تنفسی غیرموثر در دقایق حساس اولیه، دچار هیپوکسی شدید و در نتیجه آسیب مغزی شده است، علی رغم برگشت عملکرد قلبی متعاقب عملیات احیای پرسنل اورژانس، حمایت تنفسی انجام شده کارساز نبوده و با وجود انتقال ایشان به بیمارستان و زحمات کادر درمانی بیمارستان کسری، بیمار به علت نارسایی چند ارگانی (M.O.F) ناشی از هیپوکسی مغزی در تاریخ ۱۴۰۱/۶/۲۵ فوت می‌نماید.»
