ظهر روز یکشنبه ۱۷ اردیبهشت ۱۴۰۲ ساعت ۱۲ مأمورانی از طرف وزارت اطلاعات، دادستانی و نهادهای امنیتی، در غیاب دکتر سید هاشم آقاجری و در حالی که ایشان در دانشکده و آماده حضور سر کلاس درس بود، به منزل وی مراجعه کرده و علیرغم مخالفت همسرشان با ورود مأموران به خانه، با نشان دادن حکم بازرسی و تأکید بر این که بر اساس حکم اجازه دارند هرگونه مانع فیزیکی را از سر راه بردارند و خانه را تفتیش کنند، بالاجبار وارد خانه شدند و اقدام به بازرسی همه کتابها و وسایل منزل کردند. سپس ضمن تماس با دانشگاه از آقای دکتر آقاجری خواستند که سریعا در منزل حاضر شوند. وقتی ایشان رسیدند عملیات تفتیش به پایان رسیده بود. نهایتا با تسلیم احضاریه به دکتر آقاجری برای حضور در دادسرای اوین و با همراه بردن لپ‌تاپ و تمام وسایل الکترونیک و دیجیتال و مقداری نوشته های دانشگاهی و علمی وی خانه را پس از ۳ ساعت ترک کردند.
