در حالی که اعتراضات دانشجویان در ایران ادامه دارد و پایان دادن به تفکیک جنسیتی در غذاخوری های دانشگاه‌ها به یک خواست گسترده تبدیل شده، علی مطهری نماینده پیشین مجلس شورای اسلامی مختلط شدن غذاخوری‌های دانشگاه‌ها را «آزادی حیوانی» دانست.
مطهری در توئیتی نوشت: «برخی دانشجویان دانشگاه شریف در حوادث اخیر امتحان بدی دادند. گذشته از اعتراضی که حق آنها بود، فحشهای رکیک و ناموسی که در دهم مهر دادند تاکنون در دانشگاه سابقه نداشت و آبروی دانشجو را بردند و اخیراً هم با اصرار بر مختلط شدن غذاخوری مفهوم مقدس آزادی را به آزادی حیوانی تنزل دادند.»
علی مطهری با وجود انتقادهایش از حکومت، معتقد به حجاب اجباری و تفکیک جنسیتی است.
او پیشتر در زمان ریاست جمهوری احمدی‌نژاد، به دنبال درخواست محمود احمدی‌نژاد مبنی بر توقف طرح تفکیک جنسیتی در دانشگاه‌ها، نسبت به این اظهارات انتقاد کرد.
این نماینده وقت مجلس، با انتشار نامه سرگشاده‌ای، با تاکید بر «همسویی تفکیک جنسیتی با اسلام و نظرات مراجع تقلید»، «سطحی و غیر عالمانه» خوانده شدن این طرح از سوی احمدی‌نژاد را «دلیل دیگری بر لیبرال بودن» دولت وی در حوزه فرهنگ دانست.
علی مطهری، در واکنش به این درخواست، عدم اختلاط دختر و پسر را «حکم اسلام» خواند و گفت که «اگر تأسیس دانشگاه‌ها هم مانند حوزه‌های علمیه از ابتدا در دست آنها بود، دانشگاه‌های دختران و پسران را جدا تأسیس می‌کردند.»
