آژانس ایمنی هوانوردی اروپا روز پنجشنبه ۱۶ ژوئیه با انتشار بیانیه ای اعلام کرد: «هواپیماهایی که از آسمان ایران عبور می‌کنند با خطر شلیک پدافند هوایی این کشور به دلیل سوشناسایی روبه‌رو هستند و به دلیل وضعیت خطرناک امنیتی و هماهنگی ضعیف میان بخش عملیات نظامی و هوانوردی غیرنظامی این کشور، خطر اشتباه در شناسایی هواپیماهای مسافربری به جای هواپیمای نظامی وجود دارد.»
در واکنش به این هشدار آژانس ایمنی هوانوردی اروپا، مرتضی دهقان، معاون هوانوردی و امور بین‌الملل سازمان هواپیمایی ایران روز جمعه ۲۷ تیر ماه با اشاره به این که از امروز شروع مجدد و افزایش تدریجی پروازهای شرکت‌های هواپیمایی خارجی به ایران صورت گرفته به خبرگزاری ایرنا گفت: «نظارت و بازرسی‌های مستمری بر رفتار فرودگاه‌های داخل کشور و همچنین شرکت‌های هواپیمایی صورت می‌گیرد و همچنین برای رفع نگرانی کشورهای اروپایی مذاکراتی برای تامین امنیت پروازها به ایران صورت گرفته و ما به طرف اروپایی اطمینان داده‌ایم که امنیت پروازها تامین می‌شود.»
معاون هوانوردی و امور بین‌الملل سازمان هواپیمایی ایران همچنین با اشاره به اینکه هشدار اتحادیه اروپا، اتفاق جدیدی نیست افزود: «این هشدار تمدیدکننده هشدار قبلی ای‌ای‌اس‌ای (آژانس ایمنی هوانوردی اتحادیه اروپا) برای فضای ایران بوده و تغییری در متن و توصیه آن صورت نگرفته و صرفا تا تاریخ ۱۶ژانویه ۲۰۲۱ تمدید شده است.»
بعد از حادثه شلیک به هواپیمای اوکراینی به شماره پرواز ۷۵۲ به دست سامانه پدافند هوایی سپاه پاسداران در ۱۸ دی ۹۸، که در جریان آن همه ۱۷۶ سرنشین این هواپیما جان باختند، آژانس ایمنی هوانوردی اتحادیه اروپا برای عبور پروازهای اروپایی از آسمان ایران وضعیت هشدار اعلام کرد.
