شاید برخی از ابتدای به قدرت رسیدن جمهوری اسلامی در کشورمان ایران چنین تصور می‌کردند که بخاطر ماهیت اسلامی رژیم، سرکوب، زندان، شکنجه و اعدام تنها شامل گروه های مخالف نظام ولایت فقیه و بویژه مبارزان سیاسی لائیک و مبارزانی که اعتقادی به دین ندارند محدود میشود.
جمهوری اسلامی از همان ماههای آغازین، استبداد دینی خود را با پایمال کردن حق انسانی ازادی عقیده و بیان بمرحله عمل در اورد، فعالان سیاسی و اجتماعی آزادیخواه بیشماری را زندانی و اعدام کرد و ماهیت مرتجع و سرکوبگر خود را در صحنه های مختلف مانند حقوق زنان، تشکل ها، قومیت ها به نمایش گذاشت اما تصور اینکه چگونه حقوق و آزادی های ساده اقلیت های مذهبی را نقض خواهد نمود بطور کامل بر همگان روشن نبود. حکومت اسلامی تنها به صدور اسلام شیعه ای به ممالک دیگر بسنده نکرده بلکه در درون کشور هم آزادی عقیده و مذاهب دیگر را آشکارا بر نتابیده و بطور مستمر و سیستماتیک به آزار و نقض حقوق اقلیت ها به شیوه های گوناگون پرداخته است تا مذهب شیعه اثنی عشری را در مغز تک تک مردم تزریق کند.
آمار مسلمانان اهل سنت بر اساس برخی منابع غیررسمی در حدود ۲۰ درصد جمعیت کشور است که از اقوام کرد، بلوچ، ترکمن، طالشی، عرب و فارس تشکیل می شود. در استان تهران که در حدود یک میلیون سنی زندگی می‌کنند سالهاست که اجازه داشتن حتی یک مسجد سنی را نداشته اند.
جمهوری اسلامی با استفاده از رسانه ها تبلیغات وسیع علیه اقلیت سنی به بهانه وهابیت انجام داده تا افکار عمومی را نسبت به اهل سنت مهندسی کند. در مناطقی با اکثریت اهل سنت مانند کردستان و بلوچستان، پست های دولتی مانند استاندار به اهل سنت داده نمی‌شود. غالبا از برگزاری مراسم مذهبی اهل سنت جلوگیری شده و آنها دستگیر و محاکمه می‌شوند.
همچنین سالهاست که موج سرکوب دراویش و بازداشت آنها شدت یافته بطوریکه تجمع اعتراضی پیروان دروایش گنابادی بارها از سوی نیروهای امنیتی به درگیری کشیده شد و به بازداشت دسته جمعی آنان و حصر خانگی نورعلی تابنده قطب آنان انجامید.
اصل ۱۳ قانون اساسی ایرانیان زردتشتی، کلیمی و مسیحی را بعنوان تنها اقلیت های دینی شناخته شده غیر مسلمان به رسمیت شناخته که در انجام مراسم دینی خود و در احوال شخصیه میتوانند بر طبق آیین خود عمل کنند ولی عملا تبعیض های قانونی و محدودیت ها در موارد تحصیلی، استخدامی، شهادت در دادگاه، دیه، ارث و قصاص علیه اقلیت های دینی بصورت مستمر در رژیم کنونی در جریان بوده است.
افزایش کنترل بر کلیساها و پذیرش نوکیشان، محدود کردن روزهای گردهمایی نیایشی، افزایش فشار بر پیشوایان مذهبی برای ترک وطن یا تهدید آنها به زندان، تبعید و حبس همچنان مشهود است.
کلیسا های خانگی تشکیل شده هم در معرض خطر قرار دارند زیرا افراد امنیتی جمهوری اسلامی با ابراز علاقه کاذب در آنها نفوذ می‌کنند تا افراد نوکیش را شناسایی کنند.
ایرانیان زرتشتی به عنوان پیروان کهن‌ترین آئین ایرانی در استان های یزد، کرمان و شهر اهواز همواره در معرض از دست دادن خانه و زمین هایشان توسط مسیولین جمهوری اسلامی به روش جعل قولنامه و یا قوانین تبعیض آمیز ارث بسر برده اند.
ایرانیان بهایی، یارسانی و مندائی و دیگر اقلیت‌های دینی حتی شامل اصل ۱۳ قانون‌اساسی نمی‌شوند. ایرانیان بهایی بزرگ‌ترین اقلیت مذهبی کنونی در جمهوری اسلامی بشدت سرکوب شده اند، تاکنون هزاران بهایی زندانی و بیش از دویست تن از بهائیان فعال و سرشناس را به اتهاماتی چون نقض قوانین اسلامی، توطئه و جاسوسی برای صیهونیسم اعدام کرده‌اند. بهاییان از تحصیلات دانشگاهی و حق اشتغال محروم هستند، مغازه‌های آنها تعطیل و اموالشان مصادره میگردد.
در مواردی تخریب گورستان‌های بهائیان و حتی بیرون آوردن اجساد مردگان مشاهده شده است. کودکان بهائی در مدارس مورد آزار و اذیت قرار میگیرند. جمهوری اسلامی ازدواج بهائیان را نامشروع و غیرقانونی دانسته و دفاتری که ازدواج بهائیان را ثبت می کنند را متهم به رواج فحشا می‌کند. مراجع تقلید همچون آیت الله خمینی و سید علی خامنه ای بهاییان را کافر و نجس دانسته که باید از معامله با آنان اجتناب کرد.
بر اساس اطلاعات مرکز آمار ایران از سال ۵۷ جمعیت اقلیت مذهبی کشور به شدت کاهش داشته است آنان برای نجات از ارعاب، آزار و مجازات های حکومت ناچار به مهاجرت شده‌اند.
مبانی تنگ نظرانه حکومت جمهوری اسلامی ، تحمیل اعتقاد به شیعه و ولایت فقیه تنها با خشونت و سرکوب دگر اندیشان غیر مذهبی و مذهبی، همراه با اعمال فشارهای اقتصادی، معیشتی و فکری، زندان، شکنجه، حذف فیزیکی و اعدام ناجوانمردانه به اجرا در آمده است. اکنون با توجه به مشکلات عمیق اقتصادی، بی عدالتی در سایه رانت و فساد گسترده، توسل به سلطه نظامی و ایجاد رعب و وحشت در جامعه، مردم از حاکمان گریزانند، و آتشی سترگ در زیر خاکستر انحصارطلبی حکومت در انتظار جرقه ای است!
